El 20 de agosto de 1895 el Ministro del Interior y de Instrucción Pública envía al Rector de la Corporación Universitaria, el Dr. Alejo Lascano, un oficio en el que manifiesta los anhelos del Gral. ELoy Alfaro, Presidente del Ecuador, de que se abriera una Facultad de Farmacia.

El 29 de mayo de 1897 se establece definitivamente la Universidad de Guayaquil, quedando la Facultad de Medicina con tres ramas: Medicina, Cirugía y Farmacia. El 17 de octubre del mismo año se inaugura con el nombre de Universidad de Guayaquil, siendo su primer Rector el Dr. Alejo Lascano Bahamonde El 31 de diciembre de 1898 se separa totalmente del Colegio Nacional San Vicente, pasando a ocupar su lugar propio ubicado en el lugar que hoy ocupa la “Vieja Casona” en las calles Chile, Chimborazo, Chiriboga y Luzárraga.

El 15 de abril de 1919, la Facultad de Medicina y Cirugía de la Universidad de Guayaquil, da inauguración a los cursos de Farmacia.El 26 de mayo de 1938, la Junta General formada por los miembros de la Asociación Escuela de Farmacia, deciden cambiar su denominación por Asociación Escuela de Química y Farmacia de la Universidad de Guayaquil. El 26 de octubre de 1942, la Junta General, formada por los miembros de la Asociación Escuela de Química y Farmacia, resuelve cambiar su denominación, por la de Asociación Escuela de Ciencias Químicas, perteneciente a la Facultad de Química y Farmacia. La Facultad de Ciencias Químicas y Naturales contaba con dos Escuelas: la de Química y Farmacia y la de Química Industrial, además de un Instituto Botánico. El 5 de junio de 1969, el Consejo Universitario aprueba la creación de la Facultad de Ciencias Naturales, por lo que esta Facultad quedó constituida por una sola Escuela, la de Química y Farmacia.

A base de un préstamo de treinta millones de sucres, que el Instituto Nacional de Previsión concedió a la Universidad de Guayaquil, se construyen en la actual Ciudadela Universitaria Salvador Allende, edificios y algunas facultades, entre ellas la Facultad de Ciencias Químicas que funciona en su edificio desde el año 1972.